1993年，中共十四届三中全会通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，进一步明确了在卫生医疗领域，继续探索适应社会主义市场经济环境的医疗卫生体制。
1996年12月9日，中共中央、国务院召开了新中国成立以来第一次全国卫生工作会议。此次会议为下一步卫生改革工作的开展打下了坚实的基础。
1997年1月，中共中央、国务院出台《关于卫生改革与发展的决定》，明确提出了卫生工作的奋斗目标和指导思想。
在医疗机构管理方面，1993年9月卫生部发出了《关于加强医疗质量管理的通知》要求医务人员提高医疗质量意识。
1994年2月，国务院发布《医疗机构管理条例》，对医疗机构的规划布局和设置审批、登记、执业、监督管理以及相关法律责任进行了规定，将医疗机构执业管理工作纳入法制轨道。
进入新世纪，随着市场化的不断演进，政府卫生投入绝对额逐年增多，但是政府投入占总的卫生费用的比重却在下降，政府的投入不足，再加上卫生政策失当，在2000年之前就有一些地方开始公开拍卖、出售乡镇卫生院和地方的国有医院。
2003年非典事件又是对卫生体系的一次严峻的考验，这一事件直接暴露出了公共卫生领域的问题，促使人们反思现行卫生政策，客观上影响和推动了卫生体制的改革。
为此，作为贯彻中共中央国务院《关于卫生改革与发展的决定》的总体文件，国务院办公厅于2000年2月转发国务院体改办、卫生部等八部委《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》。
之后，我国政府又陆续出台了包括《关于城镇医疗机构分类管理的实施意见》、《关于卫生事业补助政策的意见》、《医院药品收支两条线管理暂行办法》等13个配套政策。
在上述配套文件出台后，国家和地方才有了一些改革举措。
2000年3月，宿迁公开拍卖卫生院，拉开了医院产权改革的序幕，共有100多家公立医院被拍卖，实现了政府资本的退出。
2001年，无锡市政府批转《关于市属医院实行医疗服务资产经营委托管理目标责任的意见(试行)的通知》提出了托管制的构想。
……
2005年1月，在全国卫生工作会议上，副总理吴仪做出批示：
解决群众看病难，看病贵的问题需要标本兼治，综合治理。
2006年，国务院出台《关于解决农民工问题的意见》，把农民工纳入医保范围；2007年，国务院出台了《关于开展城镇居民基本医疗保险试点的指导意见》，适时推出了城镇居民基本医疗保险制度试点工作。
随着基本医疗保险制度的推行，困扰多年的“看病难看病贵”问题得到了解决。
